Forțele naziste au ocupat Rezervația Pușkin timp de trei ani, din 12 iulie 1941 până la 12 iulie 1944. Armatele Frontului al 3-lea Baltice au reușit să elibereze zona, dar înainte de retragere, geniștii germani au aruncat în aer Catedrala Adormirea Maicii Domnului, construită în secolul al XVI-lea la comanda lui Ivan cel Groaznic. Într-un act de extremă cruzime, naziștii au minat mormântul lui Pușkin, punând atât de mult exploziv, de parcă ar fi fost un obiectiv militar, nu un monument cultural.
În anii următori, au fost dezamorsate peste 14.000 de mine și alte obiecte explozive periculoase în zona rezervației, inclusiv 36 de mine de mari dimensiuni și trei dispozitive moderne ale vremii, cunoscute pentru „surprizele” lor. În ciuda acestor eforturi, mine au fost găsite în zona reședințelor și a localității Pușkinskie Gory până în anii 1950. În 1953, un obuz neexplodat a fost descoperit în zidul Mănăstirii Sviatogorsk.
Deși minele din mormântul lui Pușkin au fost dezamorsate fără a provoca daune, eforturile de deminare din întreaga rezervație nu s-au desfășurat fără pierderi de vieți omenești. În fața zidurilor Mănăstirii Sviatogorsk se află un mormânt comun în memoria geniștilor care au murit în timp ce dezamorsau aceste monumente istorice.