У молдавского господаря Александру Доброго было множество сыновей и внуков, а Штефан Великий приходится ему правнуком, т.е. внуком одного из его сыновей. По старинному обычаю правителей выбирать наследника престола среди сыновей и внуков предыдущего господаря, трон занял Штефан, положив конец борьбе за власть. Штефан Великий был незаконнорожденным ребёнком, его, как говорят румыны, «нашли в цветах», поэтому и занять престол для него было сложнее. Однако он обладал рядом исключительных личных качеств, среди которых не только мужество, но и здравомыслие и собранность, и, к счастью Молдавского княжества и румынского мира в целом, его правление продлилось славных сорок семь лет.
Особенно успешными моментами в период правления Штефана Великого считаются геополитическая организация страны и проводимая им внешняя политика.
Среди самых первых мер, предпринятых Штефаном Великим, было укрепление вооружённых сил страны и создание армии, состоящей из самого многочисленного социального класса того времени. Таким образом, к исполнению воинских обязанностей были призваны физически крепкие мужчины, способные вести военную деятельность, в основном крестьяне, около 30 тыс. воинов. И вот была образована армия из 40-60 тыс. солдат, названная «народное войско Румынии», которое боролось за освобождение Молдавского княжества от давления соседних держав.
Говорят, что Штефан Великий прославился из-за постоянных войн с турками. Это не совсем так. Он боролся со всеми, кто посягал на относительную независимость Молдавского княжества. Главной целью внешней политики Штефана Великого была эмансипация Молдовы, для достижения которой он вступил в конфликт с королём Венгрии Матеем Корвином, господарем Валахии, подчиняющимся Высокой Порте, с Раду Красивым, и особенно с султаном Османской Империи Мехмедом Вторым. Слава о Штефане Великом пошла по всему миру; польский историк Длугош Ян охарактеризовал его как величайшего правителя Европы, а папа Римский провозгласил его «Атлетом Христовым».
Ещё одни мудрым решением молдавского господаря стало военное укрепление приграничных городов-крепостей. Он создал систему укреплений, которая включала в себя города-крепости Сорока, Тигина, Четатя Альбэ (ныне Белгород-Днестровский), Нямц на севере и Роман вдоль реки Сирет.
Также в рамках политики укрепления было принято решение о покупке сёл с целью восстановления княжеских поместий. Вследствие земельной концессии выиграла церковь и малые бояре, т.е. те, кто поддерживал политику Штефана Великого все время его правления.
Ещё одной целью Штефана Великого было усиление влияния господаря в органах власти. Он сократил количество придворных советников с 25-30 до 15-16. Постепенно назначенные господарём судебные чиновники стали занимать всё более важное место в Государственном Совете. Власть перешла из рук высших бояр к господарю. Штефан Великий уполномочил главы уездов (губернаторов) осуществлять военную, административную и судебную власть в уездах и таким образом создал управленческую цепь, зависимую от господаря.
Некоторые изменения претерпела и экономика страны: Штефан Великий распорядился дать необходимые полномочия купцам, обосновавшимся в Молдавском княжестве, климат которого благотворно влиял на расширение и развитие их дел. С Востока сюда привозили благовония, меха, ковры, драгоценные металлы и камни, с Запада – сукно и оружие.
Штефан Великий не раз женился, причём его союзы, помимо прочего, имели стратегическое значение. Заключив своей первый брак с Евдокией, сестрой князя Киевского Семёна Олельковича, молдавский господарь преследовал цель заиметь связи в Киеве и поддержать местные власти в борьбе с инициативой польского князя Казимира Ягеллончика по расширению Польши.
После смерти Евдокии Штефан Великий женился снова в 1472 года на Марии Магупской, происходившей из византийского императорского рода. Этот союз положил начало самому словному периоду правления молдавского господаря.
Второй брак тоже не продлился долго из-за скоропостижной смерти Марии, после чего Штефан Великий женился в третий раз на Марии Войкице, дочери господаря Валахии Раду Красивого. Этот союз стал первым шагом к объединению Молдавского княжества с Валахией.
Во время правления Штефана Великого внутри страны не существовало угрозы бунта, а попытки захватить власть случались редко и не представляли серьёзной опасности. Иной была ситуация во отношениях с другими странами, в особенности с Османской Империей.
В 1475 году Молдавское княжество подверглось нападению многочисленной османской армии под предводительством Сулеймана Паша, сильнейшего турецкого генерала. Не стоит забывать, что в это же время Молдавское княжество находилось под властью Мехмеда Второго, захватившего Константинополь, а значит, Османская Империя достигла пика своей мощи. Несмотря на это, небольшая армия Штефана Великого разгромила турецкую армию в городе Васлуй. К сожалению, турки, разъярённые этом поражением, вернулись спустя год, но в этот раз войском командовал сам Мехмед Второй.
Штефан Великий с его немногочисленной армией, состоящей из бояр, его слуг и войск из нескольких городов, вынужден отступить в селе Рэзбойень в 1476 году. Путь отступления лежал на север, и Мехмеду Второму не удалось завоевать две крепость, руины которых и сегодня можно лицезреть в городах Сучава и Нямц. Сжёгши страну дотла, чтобы туркам больше нечего было брать, Штефан Великий остался господарём и полководцем Молдовы, а Мехмед Второй был вынужден отступить.
После этого Штефан Великий понял, что волей-неволей ему придётся наладить отношения с турками, но реализовать этот план ему не удалось. Через несколько лет, в 1484 году, новая военная кампания Баязида Второго была нацелена на захват двух крепостей Килия и Четатя Албэ (Белгород-Днестровский). После предательства генуэзцев, расселившихся в крупных городах-портах вдоль берега Черного моря и Днепра для осуществления торговли, Молдавское княжество уступило туркам эти два важнейших стратегических порта, что стало роковым поражением в истории страны и отразилось на её развитии. Лишенные главных коммерческих связей с внешним миром, крупные города начали беднеть, и Молдова значительно отстала в развитии от Трансильвании с её крепостями, купцами и транзитной торговлей.
Ещё во времена Штефана Великого советники и приближенные господаря пытались убедить его, что христианские правители на самом деле не стремятся ему помочь, а турок отступил далеко и обещает защищать их от других врагов, не строит по всей стране мечети и даёт им полную свободу на процветание в собственной культуре, обществе и религии. Наладить контакт с турками удалось, выплачивая им ежегодную дань.
Поначалу это было несложно, но в скором времени дань возросла, поскольку турки, вынужденные остановить свои плодотворные походы на другие страны, испытывали все более острую нехватку денег. Дунайские княжества с их плодородной землёй, стадами овец и крупного рогатого скота были незаменимы для имперской казны, а в особенности для обеспечения нужд столицы империи Константинополя.
Последние годы правления Штефана Великого характеризуются как мирные и спокойные. После 47-летнего правления княжеством, господарь скончался 2 июля 1504 и был похоронен в монастыре Путна, одна из его любимейших построек.
Во время нахождения на престоле Штефан Великий уделял особое внимание церкви. Митрополит Теоктист, а затем митрополит Георге, были незаменимы в Государственном Совете. Правитель Молдавского княжества построил впечатляющее число культовых сооружений. По традиции считается, что с его именем связано строительство 44 церквей, происхождение 32-ух из них подкреплено историческими документами. Среди великолепных монастырей Буковины некоторые были построены по приказу Штефана Великого, они пропитаны духом времени, когда мудрый полководец и господарь решительно и бескомпромиссно защищал родную землю. Однако большая часть внешних изображений относятся к следующей эпохе, когда на трон Молдавского княжества вступил его сын, Петру Рареш.