Alexandru cel Bun a avut mulți fii și nepoți, iar Ștefan cel Mare este nepot de fiu al lui Alexandru cel bun. Însă, după obiceiul ca marii boieri să aleagă succesorul la tron între fiii și nepoții fostului voievod, a fost uns Ștefan domn, punându-se capăt unei perioade de lupte interne. Iar Ștefan cel Mare nu era nici măcar fiu legitim, ci, cum se spunea, fiu din flori, fiu neligitim, și prin urmare i-a fost mai greu să acceadă la tron. Totuși avea calități excepționale, nu numai de vitejie, dar și de chibzuință și organizare, și, spre fericirea Moldovei, în general a românimii, a avut o domnie lungă de patruzeci și șapte de ani.
Succesul lui Ștefan cel Mare este dat de organizarea țării și de politica pe care a abordat-o.
Una dintre primele măsuri pe care a luat-o este aceea de a consolida apărarea țării și de aceea creat o armată care se baza pe clasa socială dominantă a vremii. Astfel, erau chemați la luptă toți bărbații apți de luptă, în special țăranii-aproximativ 30.000 de ostași. Ia ființă o armată de 40-60.000 de oșteni, „numită oaste de țară”, care va lupta pentru eliberarea Moldovei de sub tutela marilor puteri vecine.
Se spune că Ștefan cel Mare s-a bătut mereu cu turcii. Nu e chiar adevărat. S-a bătut împotriva tuturor celor care voiau să-i știrbească relativa independență. Ștefan cel Mare avea ca obiectiv în politica externă emanciparea Moldovei și de aceea va intra în conflict cu Matei Corvin, regele Ungariei, cu domnul Țării Românești care era supus al Porții, Radu cel Frumos, dar mai ales cu Imperiul Otoman condus de sultanul Mohamed al II-lea. Faima lui Ștefan cel Mare trece peste granițe; cronicarul polonez Długosz spune că este cel mai mare suveran din toată Europa, iar papa îl proclamă Athleta Cristi, adică „Atletul lui Hristos”.
O altă decizie înțeleaptă a domnitorului moldovean a fost consolidarea militară a cetăților  aflate la graniță. A creat un sistem de fortificații care cuprindea cetăți ca: Cetatea Soroca, Cetatea Tighina şi Cetatea Albă la râul Nistru, Cetatea Neamţului la nord, iar pe râul Siret Cetatea Romanului.
Tot în cadrul politicii de consolidare intră și decizia de a cumpăra sate întregi pentru a reconstitui domeniul domnesc. Singurii care au beneficiat de concesii de pământ au fost biserica și mica boierime, ambele care l-au susținut de-a lungul guvernării pe domnitor.
Ștefan cel Mare a decis și să întărească influența domnitorului în cadrul organelor puterii. Reduce numărul membrilor sfatului domnesc de la 25-30 la 15-16. Treptat, dregătorii curții, numiți de domn, ocupă un loc important în Sfatul Domnesc. Are loc un transfer de putere de la marea boierime spre domnitor. Ștefan cel Mare a acordat multe atribuții pârcălabilor (guvernatori de cetăți) și în felul acesta creează o rețea dependentă de domnitor.
În plan economic, a acordat privilegii negustorilor străini care au găsit în Moldova un climat propice pentru a-și dezvolta afacerile. Ruta comercială principală era Marea Neagră-Liov. Din Orient comercianții aduceau mirodenii, blănuri, covoare, metale și pietre prețioase, iar din Apus postavuri și arme.
Prin căsătoriile pe care le-a făcut a vrut să-și consolideze relațiile externe. Primul mariaj, cu Evdochia, sora cneazului Simion Olelkovici, urmărește apropierea de Kiev și susținere împotriva politicii expansioniste a Poloniei lui Cazimir Iagello.
După moartea Evdochiei, Ștefan cel Mare se căsătorește din nou în 1472, cu Maria de Mangop, vlăstar a familiei imperiale bizantine a Comnenilor. Acest act a fost debutul celui mai glorioase perioade a domniei.
Nici această căsătorie nu durează, deoarece și această doamnă moare, așa că Ștefan cel Mare se căsătorește pentru a treia oară cu Maria Voichița, fiica domnitorului Radu cel Frumos. Prin această alianță a urmărit apropierea de Țara Românească.
De-a lungul domniei, opoziția boierilor a fost slabă și au existat puține incidente a pretendenților la domnie. Dar pericolul a venit mereu din exterior, mai ales din partea Imperiului Otoman.
 În anul 1475 Moldova este invadată de o mare armată otomană condusă de Suliman Pașa, cel mai mare general al turcilor. Nu uitați că suntem sub domnia lui Mahomed II, care a cucerit Constantinopolul, deci momentul de maximă putere pe care o atinge Imperiul Otoman. Iar mica armată a lui Ștefan cel Mare învinge armata turcă la Vaslui. Din păcate, turcii, furioși din pricina acestei înfrângeri, revin după un an cu însuși Mahomed II în fruntea lor.
Ștefan cel Mare rămâne cu mica lui armată formată aproape numai din boieri, slujitorii lui, și din câteva cete din oraș. Este învins la Războieni, în 1476. Totuși, se retrage mai la nord, iar Mahomed II nu reușește să cucerească cele două puternice cetăți, din care mai puteți vedea astăzi ruine, la Suceava și la Cetatea Neamțului. După ce pârjolit țara, pentru ca turcii să nu se mai poată aproviziona, Ștefan cel Mare rămâne voievod al Moldovei, iar Mahomed II se retrage.
După această aventură, Ștefan cel Mare își dă seama că trebuie să se înțeleagă cu turcii, dar, din păcate, lucrurile se înrăutățesc, căci câțiva ani mai târziu, în 1484, o nouă campanie a lui Baiazid II are drept scop, de data aceasta, cucerirea celor două porturi, Chilia și Cetatea Albă. În urma trădării genovezilor, Moldova a pierdut aceste două porturi, ce a prezentat o catastrofă pentru dezvoltarea ulterioară a țării. Au început să sărăcească orașele mari, și Moldova nu s-a mai putut dezvolta cum s-a dezvoltat Transilvania, cu cetăți, cu târgoveți bogați, cu comerț de tranzit etc.
Chiar pe vremea lui Ștefan cel Mare, domnul și dregătorii lui își spun că nu sunt ajutați cu adevărat de regii creștini, turcul e departe, promite ocrotire împotriva altor dușmani, nu vine să construiască moschei în țară, îi lasă să fie autohtoni, să aibă boierimea lor cu bisericile lor – și-atunci se înțeleg cu turcii, plătindu-i doar un tribut pe an.
La început a fost ușor, dar foarte curând tributul a crescut, pe măsură ce turcii, opriți în fructuoasele lor cuceriri, au avut mai mare nevoie de bani. Țările române, cu pământul lor rodnic, cu mari turme de oi și cirezi de bovine, au devenit indispensabil vistieriei împărăției, mai cu seamă aprovizionării capitalei, Constantinopol.
Ultimii ani ai domniei au fost marcați de pace. După o domnie de 47 de ani marele conducător și-a dat duhul în ziua de 2 iulie 1504, fiind înmormântat la Mănăstirea Putna, una dintre cele mai dragi ctitoriri ale sale.
Ștefan cel Mare a acordat o atenție deosebită bisericii. Mitropolitul Teoctist, apoi mitropolitul Gheorghe au fost parte a Sfatului Țării. Conducătorul Moldovei construiește un număr impresionant de lăcașuri de cult. Tradiția populară îi atribuie ctitorirea a 44 de biserici, dar în mod cert sunt cunoscute 32 de zidiri. Între frumoasele mănăstiri din Bucovina câteva sunt ctitoria lui, însă majoritatea zugrăvelilor, picturilor exterioare, aparțin unei epoci imediat următoare, când pe tronul Moldovei se află un fiu al lui, Petru Rareș.