Вообще, слово не в Москве придумали, но его смысл, каким мы его знаем, оно приобрело как раз в Москве.
На Руси в лесных и болотистых местах, да и на бездорожье, колёсному экипажу предпочитали надёжную, но не очень удобную волокушку, то есть повозку на полозьях.
Волочилась эта повозка адски медленно, а езду такую называли волокитой.
Потом, конечно, колесо вытеснило волокуши, но народ по привычке продолжил так называть любое медленное передвижение.
Ну а в 15-16 веках появилась и московская волокита!
Во время правления Ивана III московские приказы забрали себе большинство тяжебных дел, то есть гражданских судебных разбирательств.
А потому, сторонам дела нужно было теперь переться волочиться в Москву, а в Москве тоже никто не спешил разрешать споры, поэтому дела копились, время шло, дьяки за мзду какие-то вопросики решали, а если денег не было, то ждать до посинения своего решения.
Со временем изначальное значение слова стёрлось и «волокита», «благодаря» московским чиновникам, стала ассоциироваться с умышленным затягиванием дела, бюрократией и мелкими формальностями.